در بدو تاسيس پژوهشكده 3 آزمايشگاه در اين مركز فعال شدند. علي‌رغم وجود مشكلات فراوان داخلی به‌ويژه بودجه اندک اين مركز، گران بودن دستگاه‌ها و تجهيزات و تعداد بسيار اندک شركت‌های توليدی داخلی و مشكلات خارجی كه از استراتژيک بودن علم ليزر و وجود تحريم‌های جدی كشورهای غربی در مورد عدم فروش اقلام مرتبط با علم، به ايران ناشی می‌گرديد، با یاری خداوند متعال و با تلاش شبانه‌روزی اعضای هيات‌علمی پژوهشكده ليزرو پلاسما، تعداد آزمايشگاه‌های اين مركز به  22 آزمایشگاه رسيد که در سه ساختمان پژوهشکده قرار دارند.